На главную страницу

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов TRUA_ECOLI.

Матрица попарного сходства последовательностей моей выборки 

               TRUA_YERPE   TRUA_PHOLL   TRUA_ECOLI   TRUA_VIBCH   TRUA_VIBVU   TRUA_VIBF1   TRUA_PHOPR   TRUA_MANSM   TRUA_HAEIN   TRUA_HAEDU 

  TRUA_YERPE          100%                                                                                                                     

  TRUA_PHOLL           80%         100%                                                                                                        

  TRUA_ECOLI           76%          75%         100%                                                                                           

  TRUA_VIBCH           69%          68%          70%         100%                                                                              

  TRUA_VIBVU           68%          69%          68%          84%         100%                                                                 

  TRUA_VIBF1           67%          65%          69%          75%          77%         100%                                                    

  TRUA_PHOPR           62%          64%          63%          70%          73%          69%         100%                                       

  TRUA_MANSM           67%          64%          67%          69%          69%          68%          64%         100%                          

  TRUA_HAEIN           66%          63%          64%          65%          65%          63%          62%          78%         100%             

  TRUA_HAEDU           64%          65%          65%          65%          67%          65%          64%          72%          71%         100%

Множественное выравнивание, на котором цветом выделены консервативные позиции (темно-сиреневый - консервативные на 100%, посветлее - 80%)

                                                                                                                                                                             
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                            
T R U A _ Y E R P E   :   - - - - - - - - - M K I A L G I E Y N G S R Y F G W Q R Q Q E V A S V Q A C L E A A L S K V A N E P I G V F C A G R T D A G V H A T G Q   :     5 9
T R U A _ P H O L L   :   - - - - - - - - - M K I A L G I E Y D G S R Y Y G W Q R Q Q E V K S V Q G C L E E A L S K V A D E P I S V F C A G R T D A G V H A T G Q   :     5 9
T R U A _ E C O L I   :   M S D Q Q Q P P V Y K I A L G I E Y D G S K Y Y G W Q R Q N E V R S V Q E K L E K A L S Q V A N E P I T V F C A G R T D A G V H G T G Q   :     6 8
T R U A _ V I B C H   :   - - - - - - - - - M R I A L G I E Y D G T H Y Y G W Q R Q R E V K S V Q E A L E K A L S K I A N H P V E V Q C A G R T D A G V H G T G Q   :     5 9
T R U A _ V I B V U   :   - - - - - - - - - M R I A L G I E Y N G T D Y F G W Q R Q R E V A S V Q E K L E K A L S K V A N H P V E V Q C A G R T D A G V H G T G Q   :     5 9
T R U A _ V I B F 1   :   - - - - - - - - - M R I A L C I E Y D G A E Y Y G W Q R Q R D V N S V Q E E L E K A L T I V A N E P I E V H C A G R T D A G V H G T G Q   :     5 9
T R U A _ P H O P R   :   - - - - - - - - - M R I A L G I E Y D G A K Y C G W Q R Q V D V D S V Q E R L E K A L S H I A N K P I A V F C A G R T D T G V H G T G Q   :     5 9
T R U A _ M A N S M   :   - - - - - - - - - M K I A L G I E Y N G K N Y F G W Q R Q E K V H S V Q A E L E K A L S F V A N E K I E V F C A G R T D S G V H G T G Q   :     5 9
T R U A _ H A E I N   :   - - - - - - - - - M K I A L G I E Y N G Q N Y Y G W Q R Q E K V R S V Q E E L E K A L S H I A N E K I E I F C A G R T D S G V S G T G Q   :     5 9
T R U A _ H A E D U   :   - - - - - - - - - M K V A L G I E Y D G S N Y F G W Q R Q A E V V S V Q Q T L E E A L S K V T N T T I E V F C A G R T D S G V H G T G Q   :     5 9
                                            m 4 6 A L g I E Y 1 G     Y   G W Q R Q     V   S V Q     L E   A L 3   6 a 1     6   6   C A G R T D   G V h g T G Q            
                                                                                                                                                                             
                            *                 8 0                   *               1 0 0                   *               1 2 0                   *                        
T R U A _ Y E R P E   :   V V H F V T S A V R K D A A W T M G V N S H L P A D I A V R W V K T V D N D F H A R F S A T A R R Y R Y I I F S H R Y R P A I L A Q G V   :   1 2 7
T R U A _ P H O L L   :   V V H F E T S V Q R K D A A W T M G V N V H L P P D I A V R W V K T V D E G F H A R F S A T A R R Y R Y I I F N H R Y R P A V L A N G V   :   1 2 7
T R U A _ E C O L I   :   V V H F E T T A L R K D A A W T L G V N A N L P G D I A V R W V K T V P D D F H A R F S A T A R R Y R Y I I Y N H R L R P A V L S K G V   :   1 3 6
T R U A _ V I B C H   :   V V H F D T T A E R Q M V A W T M G A N A N L P K D I A V R W A M A V P D E F H A R F S A T A R R Y R Y V I Y N H V Y R P G I L N S G V   :   1 2 7
T R U A _ V I B V U   :   V V H F D T N V E R K M V A W T M G A N A N L P K D I A V R W A K A V P D E F H A R F S A T A R R Y R Y I I F N H A L R P G I L G S G V   :   1 2 7
T R U A _ V I B F 1   :   V V H F D T T S S R K L A A W M M G A N A N L P K N I A V R W A K E V N E D F H A R F T A T A R R Y R Y I I Y N N R L R P A I L G H G V   :   1 2 7
T R U A _ P H O P R   :   V V H F D V D V D R Q M V A W T I G V N A H L P R D I S V R W A T Q V S D D F H A R F S A T A R R Y R Y I I Y N S A L R P A I F G V G V   :   1 2 7
T R U A _ M A N S M   :   V V H F E T N A I R P E K A W A F G T N A N L P D D I A V R W A K E V P D D F H A R F S A T A R R Y R Y V L Y C N K L R S A I L P Y G I   :   1 2 7
T R U A _ H A E I N   :   V V H F E T N A V R P E K A W A F G T N A H L P D D I A V S W A K Q V D D E F H A R F S A T A R R Y R Y I L Y C N K L R S A I L A G G I   :   1 2 7
T R U A _ H A E D U   :   V V H F D T E V E R P L A S W C F G T N A H L A N D I A V K W A V K V A E D F H A R F S A T A R R Y R Y I I F N S K L R T A I L P K G V   :   1 2 7
                          V V H F   t       R       a W     G   N a   L p   1 I a V   W       V       F H A R F 3 A T A R R Y R Y 6 6 5         R   a 6 l     G 6            
                                                                                                                                                                             
                            1 4 0                   *               1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                    
T R U A _ Y E R P E   :   T H C Y M P L D A E K M E R A A Q C L L G E N D F T S F R A V Q C Q S R T P W R N V K H V K V T R H G A Y I V V D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ P H O L L   :   T H F H Y P L D E K R M H Q A A Q C I L G E N D F T S F R A V Q C Q S K T P W R N V M H I N V N R Y G H Y V V I D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ E C O L I   :   T H F Y E P L D A E R M H R A A Q C L L G E N D F T S F R A V Q C Q S R T P W R N V M H I N V T R H G P Y V V V D I K A N A F V H H M V   :   2 0 4
T R U A _ V I B C H   :   S H Y H G E L D V E K M Q Q A G Q Y L L G E N D F T S F R A V H C Q S R S P W R N V M H L N V T R H G R Y V V I D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ V I B V U   :   S H Y H G E L D E K K M H E A G Q Y L L G E N D F T S F R A V Q C Q S L S P F R N M I H L N V T R H G H Y V V I D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ V I B F 1   :   S H Y H D A L D A N L M H E A G Q Y L L G E N D F T S F R A V H C Q S R S P W R N L M H L K V T R H G D F I V I D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ P H O P R   :   S H Y H G H L D E K K M H E A A Q Y L V G E H D F T S V R A S Q C Q S R S P W R A M K H V N V S R Q G D F V I I D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ M A N S M   :   T H T H L D L D E H K M Q E A G R F L L G E N D F S S F R A A Q C Q S N T P W R N I H H L N V I R R G N F V I V D I K A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ H A E I N   :   T H C H L D L D A E K M H Q A G Q C L L G E Q D F S S F R A A Q C Q S H T P W R N V H H L N V S R I G K Y I I V D I Q A N A F V H H M V   :   1 9 5
T R U A _ H A E D U   :   A H Y H Y P L D A Q K M H Q A G Q Y L L G E Q D F S S F R A A K C Q S H T P W R N I H H L N V V R Q G N Y V I V D I Q A N A F V H H M V   :   1 9 5
                            H   h     L D       M     A   q   6 6 G E   D F 3 S f R A     C Q S   3 P 5 R n 6   H 6 n V   R   G   5 6 6 6 D I k A N A F V H H M V            
                                                                                                                                                                             
                                    *               2 2 0                   *               2 4 0                   *               2 6 0                   *                
T R U A _ Y E R P E   :   R N I V G S L I E I G C G N Q D V T W M A E L L A L K D R T R A A A T A K A D G L Y L V S V D Y P D H F A L P K V P M G P L F L A D D E   :   2 6 3
T R U A _ P H O L L   :   R N I A G S L M E I G C G N Q D I N W M A Q L L A L K D R A K A A A T A K A A G L Y L V A V D Y P V Q F D L P C A V M G P L F L A D D L   :   2 6 3
T R U A _ E C O L I   :   R N I V G S L M E V G A H N Q P E S W I A E L L A A K D R T L A A A T A K A E G L Y L V A V D Y P D R Y D L P K P P M G P L F L A D - -   :   2 7 0
T R U A _ V I B C H   :   R N I T G S L I A V G R G E Q K P E W I Q W L L A Q K D R T L A A A T A K A E G L Y L V S V D Y P A H F G L P E M P I G P L F L P D N L   :   2 6 3
T R U A _ V I B V U   :   R N I T G S L I M V G R G E Q D P E W I K W L L E A K D R K L A G P T A K A E G L Y L V D V D Y P E E F D L P R E S I G P L F L P D N L   :   2 6 3
T R U A _ V I B F 1   :   R N I T G S L I E V G K G K Q K P E W I K W L L E A K D R K L A G A T A K A E G L Y L V D V D Y P L E W E L P R V P L G P L F L D N D -   :   2 6 2
T R U A _ P H O P R   :   R N I A G S L I R V G R G Q E T P E W M K W V L E Q K D R R V A G E T A K A A G L Y L V A V D Y P E E F G L P S S P L G P I F L P D - -   :   2 6 1
T R U A _ M A N S M   :   R N I V G S L M E V G C G N Q P P E W I E W L L A Q K N R K L A A P T A K A E G L Y L V Q V T Y P E H F E L P Q M P L G P L F L A D E L   :   2 6 3
T R U A _ H A E I N   :   R N I V G S L I E V G T G N Q P I E W M Q W L L E Q K N R Q L A A P T A K P D G L Y L V D V I Y P Q K F D I P K R P I G P L F L E D G L   :   2 6 3
T R U A _ H A E D U   :   R N I V G S L L E V G Q G R Q P I E W I K W L L E Q K N R Q L A A P T T K A E G L Y L V N V E Y P S R F G I P K T A L G P L F L A D - -   :   2 6 1
                          R N I   G S L 6   6 G   g   2       W 6     6 L     K 1 R     A     T a K a   G L Y L V   V   Y P     5   6 P       6 G P 6 F L   1                
                                                 
                                                 
T R U A _ Y E R P E   :   G - - - - -   :   2 6 4
T R U A _ P H O L L   :   I - - - - -   :   2 6 4
T R U A _ E C O L I   :   - - - - - -   :       -
T R U A _ V I B C H   :   N - - - - -   :   2 6 4
T R U A _ V I B V U   :   N - - - - -   :   2 6 4
T R U A _ V I B F 1   :   - - - - - -   :       -
T R U A _ P H O P R   :   - - - - - -   :       -
T R U A _ M A N S M   :   - - - - - -   :       -
T R U A _ H A E I N   :   L N R P L K   :   2 6 9
T R U A _ H A E D U   :   - - - - - -   :       -
                                                 

Изображение 3D-структуры TRUA_ECOLI с отмеченными консервативными остатками.

Голубым и желтым показаны консервативные остатки. Розовым цветом показан лиганд.

Комментарии

Ввиду того, что мой лиганд состоит из 1 атома, взаимодействующих с ним аминокислот на расстоянии 5А всего шесть, и, все они, как мне удалось выяснить, консервативны.

© Михайлова Татьяна, 2004